Mmmmmmm tranquillo.
Intanto prendi foglio e matita

Il fatto che indichi un numero di paragrafo in questo caso non significa che l'errore stia li. Lui ha iniziato col 21 ma non è riuscito a lanciare Graphviz. Siccome qualcosa è cambiato nella gestione delle cartelle per risolvere l'altro bug potrebbe essere che la configurazione che avevi prima non gli piaccia, oppure che ci sia un ulteriore caso che non avevo considerato.
Prova ad andare in configurazione, selezionare di nuovo la cartella che contiene il file dot e vedi se va
In ogni caso mandami per mail il file di log di lgc così controllo cosa succede.
Ps, il percorso per il file del libro, o il nome del file del libro, contengono spazi?

Mannaggia potrebbe essere quello.
Prova a togliere lo spazio è fammi sapere se va.

Mandami il file di log cosi forse capisco cosa succede

allora, come scritto via mail a shaman riporto anche qui: il problema è che il mio graphviz non ha l'opzione per jpg. nell'editor delle preferenze c'è sia la riga per impostare il comando per creare il file jpg che quella per creare il file svg, ma per qualche ragione il comando prende solo la riga jpg, qualunque sia il suo valore (ho anche provato a cancellare il contenuto).

propongo una soluzione: non si potrebbe mettere una casellina da spuntare (anche a scelta multipla) per scegliere se creare un jpg o un svg?

Ho controllato ora, per vedere versione e formati supportati, ecco la risposta, dove c'è come è sempre stato jpg e versioni alternative. A me sembra impossibile non ci sia, vista l'"età" del software e consiglierei di installare la nuova versione così da essere allineato con le nuove librerie (per il secondo comportamento anomalo che citi non so dirti da cosa dipenda, però ha poco senso parlare di problemi finché non usiamo lo stesso software).
Scaricati il software da qua: http://www.graphviz.org/Download_linux_ubuntu.php

matteo@behemot:~$ /usr/bin/dot -version
dot - graphviz version 2.38.0 (20140413.2041)
libdir = "/usr/lib/graphviz"
Activated plugin library: libgvplugin_dot_layout.so.6
Using layout: dot:dot_layout
Activated plugin library: libgvplugin_core.so.6
Using render: dot:core
Using device: dot:dot:core
The plugin configuration file:
    /usr/lib/graphviz/config6a
        was successfully loaded.
    render    :  cairo dot fig gd map pic pov ps svg tk vml vrml xdot
    layout    :  circo dot fdp neato nop nop1 nop2 osage patchwork sfdp twopi
    textlayout    :  textlayout
    device    :  canon cmap cmapx cmapx_np dot eps fig gd gd2 gif gv imap imap_np ismap jpe jpeg jpg pdf pic plain plain-ext png pov ps ps2 svg svgz tk vml vmlz vrml wbmp x11 xdot xdot1.2 xdot1.4 xlib
    loadimage    :  (lib) eps gd gd2 gif jpe jpeg jpg png ps svg xbm